สำนักวิชาแพทยศาสตร์ ได้รับการอนุมัติให้จัดตั้งโดยสภามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เมื่อวันที่ 18 มกราคม 2555 และได้รับการรับรองหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต จากแพทยสภา เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2556 และทำการเปิดรับนักศึกษารุ่นแรกในปีการศึกษา 2556 จำนวน 32 คน

ปัจจุบันสำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง เปิดทำการสอนหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิต (พ.บ.) ซึ่งมีระยะเวลาของหลักสูตร 6 ปี โดยในระดับชั้นเตรียมแพทย์และปรีคลินิค (ชั้นปีที่ 1-3) ทำการจัดการเรียนการสอน ณ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง และในระดับชั้นคลินิก (ชั้นปีที่ 4-6) ทำการจัดการเรียนการสอน ณ โรงพยาบาลที่เป็นสถาบันร่วมผลิตแพทย์